El Govern de la Generalitat de Catalunya ha declarat com a Bé Cultural d’Interès Nacional l’església de Sant Joan de Bellcaire en la categoria de Monument Històric, la categoria de protecció legal dels béns més rellevants del patrimoni cultural català.
Sant Joan de Bellcaire és una de les joies de l’arquitectura religiosa de l’Empordà. És un llibre obert d’arquitectura en el qual es poden anar resseguint les diferents fases arquitectòniques i identificar els estils que s’han succeït a cada època.
Les recerques arqueològiques indiquen que l’edifici podria haver estat en origen un espai de culte, un mausoleu tardoromà, d’època paleocristiana, del segle VI. Amb els anys es van anar fent diverses intervencions afegint elements a l’església: als segles VII-IX, un absis rectangular i un transsepte; als segles IX-X se li dona forma de planta basilical amb tres naus; al segle XI, un absis semicircular i, en època gòtica, segle XIII, elements gòtics a la façana, com la rosassa lobular.
Alguns elements destacats de l’edifici són la columna romana estriada, que segurament formaria part del primer edifici, i l’interior de l’absis, que estava decorat amb pintures murals romàniques (segle XII) que representaven la Pentecosta (Pasqua Granada o segona Pasqua). Aquestes van ser trobades en la primera restauració dels anys 30 del segle XX i van ser traslladades al Museu d’Art de Girona, on s’exposen en l’actualitat.
Aquesta església és un referent singular per les seves característiques històriques, arquitectòniques i tipològiques, que permeten fer un recorregut històric de la transició arquitectònica des de l’època paleocristiana fins a la gòtica.
L’entorn de l’església des dels seus inicis sempre es va utilitzar com a cementiri del poble. En aquest sentit, la declaració de BCIN delimita un entorn de protecció al voltant del monument per garantir-ne la continuïtat dels valors i aconseguir-ne una millor preservació.
La declaració d’un bé cultural d’interès nacional comporta la inscripció del monumemt en el Registre de Béns Culturals d’Interès Nacional de la Generalitat de Catalunya i comporta una protecció i una defensa especial del mateix per al gaudi dels ciutadans.
Amb aquest fet, ja són dos els béns declarats d’interès nacional a Bellcaire, ja que l’església de Sant Joan se suma al Castell-Palau dels comtes d’Empúries, també declarat BCIN l’any 1918.
Amb aquesta declaració de BCIN, Bellcaire fa un pas endavant molt important per a la protecció del seu patrimoni i se situa entre els pobles amb més BCIN del Baix Empordà.